Năm 1943, Jacob Light và Horace Hodes đã chứng minh rằng các tác nhân được lọc ra từ phân của trẻ em bị nhiễm tiêu chảy cũng có khả năng gây ra tiêu chảy ở gia súc.[13] Ba thập kỷ sau, những mẫu bảo quản của tác nhân này đã được chỉ ra là vi rút rota.[14] Trong những năm tiếp theo, một loại vi rút trong chuột[15] được phát hiện ra là có liên hệ với loại vi rút gây tiêu chảy ở gia súc.[16] Năm 1973, Ruth Bishop miêu tả các vi rút liên quan được tìm thấy ở trẻ em bị viêm dạ dày ruột.[6][17]

Năm 1974, Thomas Henry Flewett đề xuất tên gọi rotavirus (vi rút rota) sau khi ông quan sát chúng qua kính hiển vi điện tử thấy những vi rút này trông giống như cái bánh xe (rota trong tiếng Latin);[18][19] và bốn năm sau tên gọi này đã được Ủy ban quốc tế về phân loại vi rút chấp nhận chính thức.[20] Năm 1976, những vi rút liên quan đã được miêu tả trong một vài loài động vật.[16] Những vi rút này, tất cả đều gây ra bệnh viêm dạ dày ruột cấp tính, đã được xếp loại vào bộ tác nhân gây bệnh ảnh hưởng đến con người và động vật trên toàn cầu.[18] Huyết thanh của vi rút rota đã được miêu tả lần đầu vào năm 1980,[21] và trong các năm sau, vi rút rota từ người lần đầu tiên được nuôi trong các tế bào nuôi cấy lấy từ thận khỉ, bằng cách thêm trypsin (một loại enzyme được tìm thấy trong tá tràng của động vật có vú và hiện nay được biết đến là rất cần thiết cho sự nhân rộng của vi rút rota) vào môi trường nuôi cấy.[22] Khả năng nhân rộng của vi rút rota trong môi trường nuôi cấy đã thúc đẩy tốc độ nghiên cứu, và vào giữa thập niên 1980 loại vắc-xin đầu tiên đã được triển khai.[23]

Năm 1998, vắc-xin vi rút rota đã được đăng ký ở Hoa Kỳ. Các thử nghiệm lâm sàng ở Hoa Kỳ, Phần Lan, và Venezuela đã cho thấy vắc-xin có hiệu quả 80 đến 100% trong việc ngăn ngừa bệnh tiêu chảy nặng do vi rút rota loại A gây ra, và theo thống kê trên số lượng thử nghiệm lớn, vắc-xin này không gây ra những tác dụng phụ nghiêm trọng.[24][25] Tuy nhiên, các nhà sản xuất vắc-xin đã ngừng đưa nó ra thị trường vào năm 1999, sau khi có báo cáo về sự liên quan của vắc-xin vi rút rota góp phần làm tăng nguy cơ lồng ruột, một loại tắc nghẽn ruột, trong 12.000 trẻ sơ sinh được tiêm phòng thì có một trẻ bị chứng này.[26] Báo cáo đã gây tranh cãi căng thẳng về những rủi ro tương đối và lợi ích của một loại vắc xin vi rút rota.[27]Năm 2006, hai loại vắc-xin mới chống lại sự lây nhiễm vi rút rota loại A đã được chỉ ra là an toàn và hiệu quả đối với trẻ em,[28] và tháng 6 năm 2009 Tổ chức y tế thế giới khuyến nghị đưa vắc-xin vi rút rota vào chương trình tiêm chủng ở mọi quốc gia để phòng chống loại vi rút này.[29]